В процессе хранения на качество семян влияет комплекс факторов окружающей среды: влажность, температура, газообмен, состав атмосферы хранилища или упаковки, характер семенных покровов, степень зрелости, микрофлора.
  Основными факторами, ограничивающими длительность хранения жизнеспособных семян, прежде всего являются температура и влажность. Обычно чем ниже температура и меньше содержание влаги в хранилище, тем дольше семена остаются жизнеспособными. Некоторые исследователи считают, что продолжительность хранения удваивается при понижении количества влаги на 1% или температуры на 5°С.

 Большинство семян при условии, что они не увлажнены, хорошо хранятся при температуре минус 20°С. Длительное хранение при пониженных и даже отрицательных температурах весьма важно для сбережения генетического фонда цветочно-декоративных растений. Оптимальным является хранение семян при температурах минус 18°С и ниже в герметически закрытых контейнерах при влагосодержании, не превышающем 5%±1%.

 В связи с тем, что содержание влаги в семенах во многом определяет их способность к хранению, для подготовки семенного материала к хранению применяют искусственную сушку. Семена сушат, применяя горячий воздух с принудительной вентиляцией, или помещают их над гигроскопическими веществами, такими как хлористый кальций, окись кальция , селикагель.

 Влияние влажности на жизнеспособность семян тесно связано с температурой хранения. Чем выше температура при данной влажности, тем быстрее семена теряют всхожесть, пониженные температуры способствуют долговечности семян. Если количество влаги в семенах не слишком велико, то содержание их в холодных хранилищах (температура 5-10°С) намного повышает долговечность по сравнению с хранением при комнатных температурах. Однако при слишком большой влажности в хранилище семена при 5°С портятся быстрее, чем в сухом помещении при температуре 25°С.

 Отрицательные температуры более благоприятны для хранения семян многих видов декоративных растений, чем положительные, причём некоторые семена выносят глубокое охлаждение до температуры жидкого азота (-196°С) без потери всхожести. В последние годы установлено, что сверхнизкие температуры, соответствующие температуре сжижения азота (-196 ° С) и воздуха (-253 °С), способствуют практически неограниченному по времени хранению семенного фонда целого ряда растений. При столь низких температурах прекращается биохимическая активность, семена погружаются в состояние глубокого анабиоза.
От температуры и влажности окружающей среды зависят интенсивность дыхания и газообмен семян при хранении, а значит и долговечность их хранения.