Уже в конце XIX века в Гамбурге был аптекарский огород. В город-порт привозили растения со всего мира. Первый ботанический сад был заложен доктором Ёханнесом Флюгге в 1810 году. Благодаря его усилиям за короткое время была собрана большая коллекция растений. Но из-за войны, начатой Наполеоном, дело Флюгге погибло. В 1819 году было принято решение всю территорию ботанического сада использовать как место отдыха горожан.
В 1821 году сад был заложен во второй раз. Его основателем считается профессор Ёханн Леманн. Для улучшения почвы весной он посеял сидераты, а осенью посадил деревья. Его платаны стоят до сих пор. Государственным институтом ботанический сад стал только в 1857 году, а до этого он был фактически частным садом профессора Леманна. Для поддержания сада он бережно и экономно расходовал денежные пожертвования и продавал саженцы. Это вызывало недовольство частных коммерческих питомников, и они добились того, что Леманну запретили продавать растения. Город взял ботанический сад под свою опеку, обеспечивал его всем необходимым, а взамен потребовал сделать его открытым для публики. Кстати, запрет на коммерческую деятельность в саду соблюдается до сих пор, здесь нет ни кафе, ни ресторана.
Последователь профессора Леманна Эдуард Захариас занял пост в 1894 году. При нем был создан Крестьянский сад, первый подобный в Германии, а также большой гербарий, ботанический музей, лаборатории, отделы защиты и размножения растений.
Ботанический сад в Гамбурге всегда был тесно связан с образованием. Сначала здесь читались публичный лекции, потом были открыты гимназия, институт, а в 1919 году университет. Не только для студентов, но и для всех посетителей в Ботаническом саду много интересного и познавательного.
Очень необычно и оригинально в Гамбурге представлен отдел Систематики. Он имеет форму древа, чьи ветви показывают происхождение и развитие различных групп растений. Оно показывает родственные связи внутри огромного мира растений. На «листьях» этого «дерева» в определенном порядке высажены растения. Вокруг «листьев» расположены древесные формы, которые тоже показывают ход эволюции растительного мира. Систематика, которая принята сегодня, разработана русским ботаником Тахтаяном. Ближе к основе древа располагаются первые цветковые растения, далее хвойные, а потом папоротники, мхи и другие низшие растения. Естественно в отделе Систематики выращиваются только те растения, которые могут жить в климате Гамбурга. Но на лето из оранжерей сюда выносят некоторые тропические и субтропические растения в контейнерах.
В отделе географии растений, как и в других ботанических садах, представлены растений из разных регионов. В центре отдела находится очень красивый японский сад, созданный в 1978 году специалистами из Страны Восходящего Солнца. Здесь показан типичный японский садовый ландшафт: стриженые сосны, цветущие азалии, водные потоки и пруд, камни. Неподалеку есть китайский сад с характерным павильоном на холме. В этом саду растения подобраны специальным образом, через ручей переброшен китайский мостик «зиг-заг».
Интересен и привлекателен альпинарий, где представлены горные районы Европы: Альпы, Пиренеи, Балканы, Карпаты. Здесь много цветов, и особенно красиво бывает весной, когда цветут луковичные. Любопытно устроено горное болото, щедро оформленное мхами и старыми корягами.
Крестьянский сад запомнился симметричными аккуратными грядками, на которых растут овощи, лекарственные и пряные культуры и старые сорта садовых цветов. В маленьком домике, который был построен с помощью Общества Друзей Ботанического Сада, оборудован школьный класс, где можно после экскурсии обсудить увиденное.
Сейчас Ботанический сад в Гамбурге продолжает развиваться. Здесь недавно появился сад камней. На темном песке выставлены крупные камни из различных районов Германии. Они имеют разную структуру и окраску. Рядом с камнями установлены таблички, где изложена интересная информация.
Недалеко от входа есть небольшой садик, показывающий растения из Библии. Он был создан в рамках обмена с Иерусалимом. Среди партнеров значится также ботанический сад в Санкт-Петербурге.
На пожертвования частного лица из стран Востока на территории сада создан уголок пустыни с оазисом. Слово «оазис» пришло из Древнего Египта и буквально означает «остров в море песка». По происхождению оазисы могут быть различными: у реки, у источника, в месте близкого залегания грунтовых вод. Об этом написано в экспозиции. В центре «пустыни» в гамбургском ботаническом саду возвышается разделенная надвое пирамида из синего стекла. Внутри нее стоят таблички с фотографиями и описаниями мировых пустынь, под ногами – песок и камни.
Ботанический сад занимает площадь 24 га. На этой территории, кроме описанного выше есть отдел Растений Северной Германии, рододендроны и верески, лекарственные растения, средиземноморская флора и оранжереи, где некоторые экземпляры растут с 1834 года. Всего в ботаническом саду произрастает 18 000 видов растений.