В 1626 году лекари Людовика XIII Жан Геруар и Ги де ла Бросс на сухой почте, покрытой старыми виноградниками в предместье Сен-Виктор создали Королевский сад медицинских трав. В 1640 году он открыла для публичного посещения. Здесь же была организована школа ботаники, естественной истории и фармацевтики для обучения студентов медицинских специальностей.
В 18-м веке, под руководством естествоиспытателя Буффона территория Королевского ботанического сада становится научным центром, - ее площадь увеличивается, закладываются новые коллекции растений и опытные участки, прокладываются дорожки и аллеи, строится холм с лабиринтом. Основой для холма послужили промышленные отходы и строительный мусор, на его вершине архитектор Verniquet установил ажурную беседку, выполненную из сплава различных металлов, а у подножия холма поставил бронзовые скульптуры, высадил эффектные ливанские кедры и гинкго. Некоторые постройки и уголки сада вызывают сегодня в воображении тот далекий период. Самые старые свидетели истории сада - отель Magny, построенный в 1650 г. и присоединенный к территории сада в 1787 г., а также творения архитектора Эдм Вернике - беседка Буффона (1788) и амфитеатр Verniquet, законченный в период Революции, в 1794 году. Примерно в то же время в саду открылся первый зверинец, 1804 г. - ротонда, а в 1805-м г. построен медвежатник с логовом.
Начало 19-го века также характеризуется активным использованием металла при строительстве объектов сада. Применение металла было новшеством, споры о возможностях его использования в саду велись почти столетие, до тех пор, пока в 1889 году Густав Эйфеля не построил из металла нынешний символ Парижа - Эйфелеву башню. В тот же год в ботаническом саду открылась галерея зоологии (впоследствии Большая галерея эволюции). Вместе с оградойи другими строениями сада, в конструкции которых применялся металл, они сегодня причислены к памятникам истории города.
Напротив галереи эволюции можно увидеть статую Жоржа Луи Леклерка, графа Буффона,а в противоположном конце сада расположена скульптура почитаемого во Франции Жана Батиста Ламарка. У галереи минералогии вы найдете памятник Антуану Жюсье - французскому ботанику, директору Парижского ботанического сада в 1770—1826 гг., а вблизи отеля Magny в металле увековечен Мишель-Эжен Шеврель, французский химик-органик, член-корреспондент Петербургской Академии наук (1853). Все эти известные люди приложили немало усилий для того, чтобы показать научный подход к изучению природы и превратить ботанический сад в настоящий музей под открытым небом, - с величественными деревьями (например, двумя критскими кленами, посаженными в 1702 году), перспективами и продуманным ландшафтным дизайном.
Занимая площадь в 29 га, ботанический сад Парижа разделен на множество отдельных зон.
Так, розарий сада, расположенный между вековыми деревьями - робинией и софорой, и открытый в 1990 году содержит сегодня более 180 видов.
Альпийский сад, возделываемый здесь уже более 70 лет представляет уже более 2 000 видов растений горных массивов Франции,
Пиреней, Альп, Кавказа, Балкан, Марокко, Китая и Японии. Есть здесь и плотоядные растения, высаженные в торф; один из первых, импортированных во Францию киви; фисташковое дерево...
Сад полезных растений составлен из лекарственных, пищевых, красильных, магических, парфюмерных - всех тех, которые человек использует в быту.
Cад ирисов, где представлено около 150 видов этого растения, особенно хорош в пору цветения – в мае, а сад многолетних травянистых культур (более 450 видов) – с весны до поздней осени.
Экологичный сад представлен лесным участком, состоящим из многообразия травянистых и древесно-кустарниковых растений, благоприятных для многочисленных насекомых, птиц, млекопитающих и амфибий.
Образовательный сад создан для детей – он содержит множество овощных и плодовых растений, рассказывает об их полезных свойствах и правильных методах выращивания.